法务部调查局干员兼机动小组组长方国辉（刘德华饰）为人嫉恶如仇，干练打击社会不法活动，第一目标是当时危害社会的赌博电玩，调查结果发现此案背后的幕后藏镜人是黑帮老大周朝先（梁家辉饰）；周朝先的事业不断被公家扫荡，于是在记者会上公开声明要参选立法委员，设法由黑道转换到台湾政治舞台，想借由民意代表的保护伞拯救自己，并从此当中得到政治保护，周朝先不惜贿赂政府官员及政党权贵，甚至以挲圆仔汤的方式进行围标，务求完成自己的漂白工程。
方国辉对周朝先深恶痛绝，誓言要把周朝先绳之于法。方国辉倾全力明查暗访，率领其手下来到周朝先经营的电玩游乐场进行监拍时，拿到其经营地下赌场的证据，将其告上法庭，加上周朝先在围标工程中被方国辉抓住痛脚，令公众知悉他的贪污事件，周朝先因此失去了被党一名层峰（代号“老板”），提名为立委候选人的机会。
方国辉纵使让贪污事件曝光，但也因此被调查局上司命令他停职休假，以及停止对周朝先的调查；周朝先收买好了法官，无罪当庭释放。周朝先怀疑侯副部长暗中与他人勾结并暗算他，决定宁死不退；周朝先决定退出党的政治献金制度，以无党籍身份出马，与代表党竞选的黑帮老大丁宗树对干。
周朝先得到计程车车行老板支持，决定把两间车行的司机因为争夺乘客所导致的争执，演变成一场扰乱大台北的暴动，牟取政治利益。动乱过后，不出所料地“因协助制止暴动”，成为事件中的“大英雄”。不料方国辉却被丁宗树盯上，丁宗树欲谋杀方国辉，再嫁祸给周朝先，一石二鸟，周朝先以暴制暴将丁宗树铲除，高票当选成为候任立委。
方国辉逃出追杀，但方国辉开计程车的父亲在暴乱当中受了重伤，方国辉救出父亲，沮丧之际，写信向法务部部长冯敬宗解释自己的愿望，希望能够复职办案，结果得到冯氏的鼓励，加上方的女友凌飞（吴辰君饰）的支持，重回工作岗位。与此同时，另一方面调查局紧咬著周朝先的手下不放，继续跟踪他的其他弊案，为了搜集证据指证周朝先，方国辉不惜假扮信徒，在周朝先家中搜集到他进行贪污的证据。
与此同时，周朝先拒绝服从“老板”的命令，更杀死他一直认为利用他的侯副部长，周朝先因此与妻子崔妙香（孙佳君饰）一同逃亡，然而法网恢恢，方国辉驾驶直升机攻击周朝先的车队，崔妙香遭遇车祸身亡，而周朝先最终被方国辉绳之以法，三审被判死刑，褫夺公权终身，但方国辉也因为案件涉及政府高层人员，在承受巨大压力之下被迫辞职。后来方国辉于1997年竞选台北县长，并在竞选卡车上与电视台女主播凌飞举行婚礼。